Caracterización genómica y fenotípica de Acinetobacter colistiniresistens aislado de heces de un miembro sano de la comunidad.

Scientific Reports volumen 13, número de artículo: 12596 (2023) Citar este artículo

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Las especies de Acinetobacter son patógenos oportunistas ampliamente conocidos que causan infecciones graves en la comunidad y asociadas a la atención sanitaria. Se sabe que uno de esos patógenos emergentes, Acinetobacter colistiniresistens, exhibe resistencia intrínseca a la colistina. Investigamos las características moleculares de la cepa C-214 de A. colistiniresistens, aislada de la muestra fecal de un miembro sano de la comunidad, como parte de un estudio de cohorte que se lleva a cabo en Segamat, Malasia. La comparación de la secuencia completa del genoma de C-214 con otras secuencias de A. colistiniresistens recuperadas de la base de datos NCBI mostró una identidad de secuencia del 95 % o más, y muchas de las secuencias del genoma representan esa especie. El uso del ensayo de destrucción de Galleria mellonella mostró que C-214 era patógeno en este sistema de infección modelo. La cepa C-214 tenía una CMI de colistina y polimixina B de 32 y 16 mg/l, respectivamente. Además, era resistente a cefotaxima, amikacina y tetraciclina y mostraba una capacidad moderada de producción de biopelículas. Se detectaron diferentes genes asociados con la virulencia o la resistencia a las principales clases de antibióticos. Observamos mutaciones en lpxA/C/D en C-214 y otras cepas de A. colistiniresistens como causas probables de resistencia a la colistina, pero los efectos biológicos de estas mutaciones requieren más investigación. Este estudio proporciona información genómica sobre A. colistiniresistens, una bacteria potencialmente patógena aislada de un miembro de la comunidad y señala la amenaza para la salud pública que puede representar.

El desarrollo de resistencia a los antibióticos en las bacterias ha aumentado considerablemente con el tiempo y representa un riesgo importante para la salud pública. El abuso de antibióticos en la medicina humana y veterinaria, la agricultura y la avicultura contribuye a la aparición de microorganismos resistentes a los antibióticos. Además de encontrarse con frecuencia en los centros de salud, las bacterias multirresistentes se identifican cada vez más en la comunidad y en fuentes ambientales circundantes1,2,3.

Entre las bacterias resistentes a los antibióticos, Acinetobacter spp. han surgido como patógenos oportunistas a menudo relacionados con infecciones asociadas a la atención sanitaria4,5. Sin embargo, se han aislado diversas especies de Acinetobacter de diferentes fuentes. Aunque A. baumannii es inequívocamente clínica y epidemiológicamente la especie de Acinetobacter más importante, otras especies de Acinetobacter también se han relacionado con infecciones humanas y se ha descubierto que son resistentes a los antibióticos y capaces de propagarse entre pacientes hospitalizados6,7,8. Un estudio de Touchon et al.9 reveló que el género Acinetobacter está formado por aislados cuyas secuencias centrales de ADN son sorprendentemente variables e identificaron un clado que contiene miembros con actividad proteolítica o hemolítica. Siete de estos miembros fueron nombrados como especies y otros seis como especies genómicas, incluida una denominada 13BJ/14TU9. Nemec et al.10 investigaron el estado taxonómico de 40 aislamientos de Acinetobacter y nombraron cinco especies adicionales. En 2017, Nemec et al.11 investigaron la especie genómica 13BJ/14TU y encontraron 24 cepas con secuencias características de rpoB/gyrB. Todas estas secuencias habían sido aisladas de pacientes y tenían altos niveles de resistencia a la colistina (polimixina E) que no se observa en ninguna otra especie dentro del clado hemolítico/proteolítico6,12. Debido a la resistencia intrínseca a la colistina, Nemec et al.11 cambiaron el nombre del aislado de secuencia genómica 13BJ/14TU a Acinetobacter colistiniresistens. El ensamblaje del genoma del aislado 13BJ/14TU está disponible como GCF_003227755.1.

El género Acinetobacter es un cocobacilo gramnegativo estrictamente aeróbico con características oxidasa negativa y catalasa positiva11. Hasta ahora, la especie A. colistiniresistens se ha aislado únicamente de muestras clínicas, incluidos esputo5, piel, sangre13, vagina, ojos, hisopos de heridas, catéteres, conjuntiva y líquido cefalorraquídeo11. Su presencia suele estar relacionada con enfermedades graves como la septicemia14,15. La cepa de tipo NIPH 2036T de A. colistiniresistens (ensamblaje del genoma GCF_000413935.1) se aisló antes de 1990 de un catéter en Bélgica13. No existe evidencia de caracterización de esta especie a partir de nichos ambientales, animales o individuos sanos.

La aparición y prevalencia de Acinetobacter spp multirresistente (MDR) ha llevado a la reintroducción del antibiótico polimixina colistina como tratamiento de primera línea para dichas infecciones12,16. En consecuencia, la resistencia a la colistina en Acinetobacter y otras bacterias ha surgido en todo el mundo, incluso en Malasia, lo que ha reducido las opciones para tratar los patógenos MDR. Se han descrito dos mecanismos de resistencia a la colistina en A. baumannii: (1) la adición de fosfoetanolamina a la parte lipídica A del lipopolisacárido (LPS), que es causada por mutaciones en los genes que codifican las proteínas de señalización PmrA y PmrB, y (2 ) la pérdida de producción de LPS, que está provocada por mutaciones en los genes lpxA, lpxC y lpxD17. Sin embargo, no existen estudios detallados sobre la resistencia a la colistina en cepas de A. colistiniresistens. Además, todavía no se ha informado de ningún estudio relacionado con la virulencia en A. colistiniresistens.

A la luz de la creciente importancia clínica de A. colistiniresistens y su mayor resistencia a los antibióticos, comprender sus posibles reservorios y vías de exposición se ha convertido en una preocupación apremiante. Sin embargo, la transmisión y las características genotípicas de A. colistiniresistens dentro de la comunidad siguen siendo poco conocidas. Aquí informamos la caracterización de un A. colistiniresistens aislado de las heces de un individuo sano. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio de A. colistiniresistens aislado de la comunidad. Caracterizamos fenotípica y genotípicamente la cepa aislada de A. colistiniresistens y realizamos un análisis comparativo de la secuencia del genoma completo con otras cepas de A. colistiniresistens seleccionadas del NCBI. Se utilizaron las larvas de la polilla mayor de la cera, Galleria mellonella, un modelo no mamífero relativamente simple, para explorar la patogenicidad de la cepa de A. colistiniresistens18. Los datos generados a partir de este estudio proporcionan información sobre la diversidad genética dentro de las cepas de A. colistiniresistens y resalta su amenaza potencial para la comunidad.

El estudio fue aprobado por el comité de ética/IRB del Comité de Ética en Investigación Humana de la Universidad de Monash (MUHREC, número de proyecto: 1516), que está de acuerdo con la Declaración de Helsinki de la AMM (WMA y Asociación Médica Mundial 2013). Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de cada participante involucrado en el estudio. Además, este estudio se realizó en colaboración con el Observatorio Comunitario del Sudeste Asiático (SEACO) con sede en el distrito de Segamat del estado sureño de Johor en Malasia Peninsular.

Se obtuvo un único aislado de Acinetobacter resistente a la colistina después de examinar 233 muestras fecales de Segamat en busca de aislamientos bacterianos y fúngicos en 2018. El aislado formó parte de una cohorte más grande de Acinetobacter spp. aislados identificados durante un proyecto de investigación comunitaria que involucró el aislamiento y la investigación de patógenos ESKAPE de personas que viven en el distrito de Segamat19.

Los pasos de recolección y procesamiento de muestras se describieron anteriormente20. Las muestras se sembraron en agar Leeds Acinetobacter (HiMedia, India) y agar MacConkey (Oxoid, Reino Unido) y posteriormente se incubaron a 37 °C durante 24 h. Se observaron y registraron la morfología de las colonias y la naturaleza de las cepas. De cada muestra se seleccionaron tres colonias con morfología de Acinetobacter y se identificaron mediante métodos bioquímicos estándar (tinción de Gram, prueba de catalasa y reacciones de oxidasa).

Se realizó una amplificación por PCR de un fragmento del gen 16S rRNA y una secuenciación posterior para confirmar la presencia de Acinetobacter spp. El gen 16S rRNA se apuntó utilizando los cebadores universales descritos en estudios previos21. La extracción de ADN bacteriano para PCR se realizó mediante el método de extracción por ebullición descrito por Dashti et al.22.

Las pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos y su interpretación se realizaron utilizando el método estándar de difusión en disco para 12 antibióticos diferentes en agar Mueller Hinton (Oxoid, Reino Unido) de acuerdo con las directrices del Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI)23. Los discos de antibióticos utilizados en este estudio fueron piperacilina, piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefepima, aztreonam, imipenem, meropenem, gentamicina, amikacina, ciprofloxacina y tetraciclina.

Sin embargo, se utilizó microdilución en caldo para la colistina y la polimixina B, el único método que recomienda el CLSI. La concentración mínima inhibitoria (CIM) para colistina y polimixina B se realizó siguiendo las pautas del CLSI de 2015 y los puntos de corte observados (≤ 2 mg/L, susceptible; > 4 mg/L, resistente). Se utilizaron Acinetobacter baumannii ATCC BAA 1605 y E. coli ATCC 2325 como controles con patrones de resistencia a antibióticos conocidos.

Los ensayos de producción y cuantificación de biopelículas se realizaron según Huet et al.20 con ligeras modificaciones. En resumen, se añadió a cada pocillo un total de 100 µl de medio Caldo Triptona de Soja (TSB) (Oxoid, Reino Unido) suplementado con 0,2% de glucosa. Utilizando un cultivo bacteriano durante la noche, la suspensión celular se ajustó al estándar de McFarland 0,5 en TSB suplementado con glucosa al 0,2% y se inocularon 100 µl de cada suspensión en cada pocillo. Se dejaron dos pocillos sin inocular y se utilizaron como controles negativos. Las placas se incubaron a 37 °C durante 24 h para la producción de biopelículas. Después del ensayo de producción de biopelículas, la cuantificación de la biopelícula se llevó a cabo utilizando ensayos de cristal violeta (CV) y XTT.

Para lograr la secuencia completa del genoma, se realizó una secuenciación del genoma completo (WGS) híbrida basada en lecturas cortas y largas. El ADN genómico total se extrajo mediante el método de separación de fases fenol-cloroformo, según Sambrook y Russell24. La calidad y concentración del ADN extraído se evaluaron utilizando un espectrofotómetro bioanalizador Nanodrop (Thermo Scientific, Delaware, EE. UU.).

Los datos de secuenciación de lectura corta se generaron con un kit de preparación de biblioteca Nextera XT (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.) y la secuenciación se realizó utilizando un secuenciador Illumina MiSeq con el kit de reactivos MiSeq v3 según el protocolo del fabricante (2 × 250 pb configuración de lectura de extremo emparejado). Además, para la secuenciación de lectura larga, se prepararon bibliotecas de ADN de acuerdo con el protocolo del kit de secuenciación de ligadura (SQK-LSK109). Luego, los datos de secuenciación de lectura larga se generaron utilizando una celda de flujo MinION FLO-MIN106 y un dispositivo de secuenciación MinION MK1B (Oxford Nanopore Technology).

El recorte de calidad y el filtrado de las lecturas cortas de MiSeq sin procesar se realizaron utilizando Trimmomatic: versión 0.39 con los parámetros PE, ILLUMINACLIP: adaptors/NexteraPE.fa:2:30:10:8, LEADING:3, TRAILING:3, SLIDINGWINDOW:5 :20, MINLEN:35 (Bolger et al.25). El borrador del genoma de lectura breve se ensambló de novo utilizando SPAdes 3.13.026. Para la lectura larga, las llamadas base se realizaron usando Guppy v3.2.10 hasta MinKnow v3.6.17, usando la configuración de llamada base rápida. El ensamblaje del genoma de lectura larga se realizó usando Flye v2.727 y luego la secuencia se corrigió y pulió con las lecturas cortas recortadas usando Pilon v1.2328. La calidad del montaje corregido se evaluó utilizando BUSCO v4.0.629. La anotación funcional se realizó con Prokka 1.1330 y el mapa del genoma se trazó con BLAST Ring Image Generator (BRIG) v0.9531. Los plásmidos se detectaron utilizando Plasmid Seeker32.

La identificación de especies se llevó a cabo mediante la identidad de nucleótidos promedio (ANI) basada en BLAST y la hibridación ADN-ADN in silico (isDDH) utilizando la herramienta de servidor en línea JSpeciesWS33 y la calculadora de distancia genoma a genoma34, respectivamente, con parámetros predeterminados. Se utilizó un valor de ANI superior al 95 % y valores de isDDH ≥ 70,0 % como punto de corte para definir las especies bacterianas con precisión. Un análisis filogenómico de Acinetobacter spp. estrechamente relacionado. Las secuencias completas del genoma se llevaron a cabo utilizando el programa GToTree v.1.7.0535. Estas secuencias se recuperaron del Centro Nacional de Información Biotecnológica NCBI en función de la presencia de genes de copia única en cada genoma, incluido nuestro aislado C-214.

Se llevó a cabo un análisis genómico comparativo entre nuestra cepa C-214 y las secuencias del genoma de otras 20 cepas de A. colistiniresistens obtenidas del NCBI (GCF_000248195.1, GCF_000369645.1, GCF_000369765.1, GCF_000413935.1, GCF_000876115.1, GCF_00 3227755. 1, GCF_003569565.2, GCF_007713425.1, GCF_008982465.1, GCF_008984005.1, GCF_008987005.1, GCF_008988385.1, GCF_008990765.1, GCF_008992365.1 , GCF_008993755.1, GCF_009013055.1, GCF_009013115.1, GCF_009013295.1 y GCF_900406805.1). Se utilizaron dos cepas de A. baumannii (H-10112 y C-98) recolectadas en el mismo lugar durante el estudio para comparar la variación de la secuencia con las cepas de A. colistiniresistens. La cepa H-10112 era una cepa hospitalaria MDR y la C-98 era una cepa comunitaria no MDR36.

Se utilizó la base de datos integral de resistencia a los antibióticos (CARD)37 para identificar genes adquiridos de resistencia a los antibióticos utilizando Abricate versión 1.0.1 (https://github.com/tseemann/abricate). Los genes asociados a la virulencia se identificaron utilizando la base de datos de factores de virulencia (VFDB4)38. Los elementos genéticos móviles se detectaron utilizando ISFinder39. Las matrices de contenido genético se obtuvieron utilizando anvi'o40.

Se detectó un gen ampC en el genoma del aislado C214. Se parece al grupo UniRef90_N9PW73 (grupo UniRef50_A0A0N1I997 con un límite del 50%), cuyas secuencias de proteínas pertenecían exclusivamente a A. colistiniresistens. La secuencia de la proteína AmpC de C214 se compiló junto con las secuencias de proteínas del grupo UniRef50_A0A0N1I997 y las beta-lactamasas de clase C de Ambler de la base de datos BLDB41 para construir un árbol filogenético utilizando FastTree42. El árbol del gen ampC se visualizó utilizando iTol v643.

Para determinar la naturaleza virulenta de A. colistiniresistens, se realizó un ensayo de destrucción in vivo en la polilla mayor de la cera, Galleria mellonella. Las larvas de G. mellonella se adquirieron en Carolina Biological, EE. UU. Las larvas que mostraron síntomas de melanización o deformación se omitieron del ensayo para eliminar la posibilidad de sesgo. Se pesó cada larva y en el estudio se utilizaron aquellas que cumplían con el criterio de 250 ± 50 mg. Los experimentos de ensayo de destrucción se realizaron inyectando 10 µl de dos soluciones bacterianas diferentes con 107 y 106 unidades formadoras de colonias por larva (UFC/larva), respectivamente, en la última pata izquierda usando una jeringa Hamilton. Para comprobar la muerte causada por daño físico, a un grupo de larvas se le inyectaron 10 µl de PBS como control negativo. Otro grupo de control no recibió ninguna inyección. Las larvas se incubaron durante siete días a 37 °C y se controlaron los síntomas de muerte cada 24 h. Las larvas que no respondieron a la estimulación táctil o que tenían una coloración negruzca fueron reportadas muertas. Se seleccionaron A. baumannii C-98 y E. coli OP50 como cepas de referencia de alta y baja patogenicidad, respectivamente. Los experimentos se repitieron tres veces, teniendo en cuenta la lectura promedio.

Todos los análisis se realizaron mediante tres experimentos separados utilizando el software GraphPad Prism 6.01. La significación de las diferencias se determinó en p ≤ 0,05. La muerte de G. mellonella por A. colistiniresistens se analizó mediante el método de Kaplan-Meier. Se realizó la prueba de rango logarítmico.

Un estudio de A. baumannii a partir de muestras fecales de la comunidad del distrito de Segamat, Johor, Malasia, condujo al aislamiento de un único Acinetobacter spp resistente a la colistina. designado como C-214, en placas de agar selectivo. La portadora era una ama de casa de 34 años de la comunidad indígena Orang Asli Jakun.

Para la identificación preliminar de especies, se realizó PCR con los cebadores universales 27F y 1492R seguido de secuenciación de Sanger para obtener la secuencia casi completa del gen 16S rRNA de la cepa36. El uso de BLAST para la secuencia de rRNA 16S contra la base de datos NCBI reveló que el aislado pertenecía al género Acinetobacter y es miembro de la especie colistiniresistens.

Se realizaron imágenes FE-SEM y se comparó la morfología de la colonia para explorar cualquier diferencia en la morfología de las células bacterianas entre A. baumannii y A. colistiniresistens. No se observaron diferencias significativas en su membrana celular y formación de colonias. Se descubrió que ambos tenían fenotipos de cocobacilos. En medio de agar selectivo Leeds Acinetobacter, produjeron colonias y colores idénticos (datos no mostrados).

El aislado, C-214, tenía una CIM de colistina y polimixina B de 32 y 8 µg/ml, respectivamente (Tabla 1). Además de la resistencia a la colistina, este aislado fue fenotípicamente resistente a cefotaxima, amikacina y tetraciclina, pero susceptible a cefepima, ceftazidima, ciprofloxacina, gentamicina, piperacilina/tazobactam y carbapenémicos según las pruebas de susceptibilidad a los antibióticos por difusión en disco (Tabla 1).

También se evaluó la capacidad de formación de biopelículas del C-214. Según los ensayos XTT y CV, el aislado C-214 mostró una capacidad moderada de formación de biopelículas (Tabla 1).

C-214 se secuenció utilizando tecnologías de secuenciación de lectura corta (Illumina MiSeq) y de lectura larga (Oxford Nanopore). El ensamblaje del genoma híbrido reveló que la cepa C-214 de Acinetobacter contenía un cromosoma circular de 3.865.171 pb (contenido de GC del 41,33%) (Fig. 1). El contenido de GC es casi idéntico al informado para la secuencia de A. colistiniresistens representada por GCF_003227755.1 y el tamaño del genoma es típico de esta cepa. Además, también se detectaron tres plásmidos circulares con tamaños de 10.411 pb (p214-1), 5509 pb (p214-2), 8305 pb (p214-3) y un contenido de GC de 35,4, 30,79 y 33,65%, respectivamente (Suplementario B) . El tamaño medio del genoma es similar al de A. baumannii, cuyos genomas oscilan entre 3,6 y 4 Mbp con un contenido de GC de alrededor del 39%44,45.

Mapa del genoma del cromosoma C-214 de la cepa de Acinetobacter colistiniresistens (CP102099) trazado utilizando el generador de imágenes en anillo BLAST (BRIG). El círculo de color exterior denota el sesgo de GC de las secuencias genómicas (púrpura: negativo; verde: positivo), seguido de las distribuciones de genes de resistencia a los antimicrobianos (rojo), genes de virulencia (azul) y loci del sistema CRISPR-Cas (gris).

El análisis de anotación del genoma utilizando Prokka detectó 3844 genes con 3705 secuencias codificantes, 75 secuencias de ARNt, 18 secuencias de ARNr, 1 secuencia de ARNtm y 45 secuencias de ARN diversas.

Se realizaron análisis de ANI y de hibridación in silico de ADN-ADN de la cepa C-214 contra 79 diferentes Acinetobacter spp junto con 19 cepas de A. colistiniresistens (suplementario B). Los valores más altos de ANI (98,08%) y DDH (71,04) se encontraron contra la cepa NR1165 de A. colistiniresistens (suplementaria B). Se construyó un árbol filogenético sobre la base de 20 genomas de A. colistiniresistens, tres de A. baumannii, uno de A. gyllenbergii y uno de A. proteolyticus, y está claro que C-214 es un genomovar dentro del grupo de A. colistiniresistens que es a su vez compuesto por dos subgrupos (Fig. 2).

El árbol filogenómico de Acinetobacter colistiniresistes, anotado con valores de ANI y matriz de identidad porcentual frente a genes de resistencia a antimicrobianos de CARD. Tenga en cuenta que la cepa tipo NIPH2036 está representada por el conjunto del genoma GCF_000413935.1, el aislado 13BJ/14TU por GCF_003227755.1 y tres aislados de TUM por GCF_009013115.1, GCF_9013295.1 y GCF_9013055.1.

Los distintos patrones de fenotipos de resistencia a los antibióticos observados en la cepa C-214 nos llevaron a investigar los genes conocidos relacionados con la resistencia en el genoma secuenciado y compararlos con otros genomas de A. colistiniresistens disponibles. Además, también comparamos la presencia de genes AMR en tres genomas de A. baumannii, uno de A. gyllenbergii y uno de A. proteolyticus. Los resultados detallados se resumen en la Fig. 2. El análisis del gen AMR utilizando la base de datos CARD detectó cinco genes de resistencia a los antibióticos en el genoma de la cepa C-214, donde se encontró un gen de resistencia a la tetraciclina (tet39) dentro de un plásmido (p214-1). Además, en el aislado también estaban presentes un gen de resistencia a betalactámicos, blaOXA302, dos genes de resistencia a aminoglucósidos (ANT(3'')-IIc, AAC(6')-Ij) y un gen de bomba de eflujo de múltiples fármacos, adeB. La detección de estos genes también respaldó nuestros datos fenotípicos de AST (Tabla 1), donde la cepa C-214 mostró resistencia contra betalactámicos (CTX-30), tetraciclina (TE30) y aminoglucósidos (AK30). Sin embargo, aunque el aislado es altamente resistente a la colistina y la polimixina B, no se pudo identificar el gen responsable de la resistencia. Los estudios han encontrado que el gen mcr mediado por plásmidos es responsable de la resistencia a la colistina en Acinetobacter baumannii46. No pudimos encontrar ningún gen mcr en ningún aislado de A. colistiniresistens.

Después de comparar los supuestos genes de resistencia en C-214 con otras 19 cepas de A. colistiniresistens, se descubrió que la mayoría de los aislados portaban una colección similar de genes de resistencia (n ≤ 5). Sin embargo, el gen A de resistencia a la tetraciclina (tet39) solo se detectó en la cepa C-214, descrita en este artículo. Se detectó una secuencia de inserción ISaba26 tanto en el cromosoma como en el plásmido (p214-1). Además, cuando se compararon las cefalosporinasas (ADC) derivadas de Acinetobacter entre los aislados de A. colistiniresistens y A. baumannii, se observaron diferencias considerables. Tanto los aislados de A. baumannii como los de A. colistiniresistens portaban el gen de betalactamasa intrínseco de clase C. Sin embargo, mientras que los aislados de A. baumannii analizados en este estudio portaban un gen tipo ADC-1, A. colistiniresistens portaba un gen tipo ADC-8 (Fig. 3). La similitud en la secuencia de aminoácidos de estos dos tipos es aproximadamente del 50%. Los genes relacionados con la bomba de eflujo se observaron comúnmente en ambas cepas de A. baumannii, pero solo se encontraron dos genes en los aislados de A. colistiniresistens.

Árbol filogenético basado en beta lactamasas clase C de Ambler seleccionadas de secuencias BLDB y UniRef90_N9PW73 y UniRef50_A0A0M1I997. Secuencia AmpC de grupos C-214 junto con secuencias UniRef90_N9PW73. En verde están las cefalosporinasas (ADC) derivadas de Acinetobacter, excepto la ADC-8. El grupo marrón es un clado que consta de secuencias UniRef50_A0A0M1I997. Las secuencias UniRef50 son secuencias que forman un grupo de similitud del 50% (el 50% es supuestamente un límite indulgente aquí). También podemos ver que el grupo UniRef50_A0A0M1I997 forma dos subclados. El gen C-214 ampC (UniRef90_N9PW73 "sub-"subclado, rojo) no pertenece al subclado ADC-8. Aquí, los nombres de tres letras se refieren a diferentes beta-lactamasas que son todas de clase C.

Se analizaron diferentes genes relacionados con el factor de virulencia en la cepa C-214, junto con otros 19 genomas de A. colistiniresistens, tres de A. baumannii, uno de A. gyllenbergii y uno de A. proteolyticus derivados del NCBI, donde dos genomas de A. baumannii del mismo proyecto. Los resultados se resumen en la Fig. 4. El gen de la proteína de la membrana externa ompA, que promueve la formación de biopelículas bacterianas, la infección de células eucariotas, la resistencia a los antibióticos y la inmunomodulación, se encontró en todos los aislados de A. colistiniresistens, incluido el C-21447. Los genes relacionados con la producción de lipopolisacáridos (LPS), como lpxA, B, C, D y lpxL, estaban presentes en todos los genomas de A. colistiniresistens. Los genes lpxA, lpxC y lpxD participan principalmente en las etapas iniciales de la producción de lípido A y en el anclaje hidrofóbico de LPS48. Se ha descubierto que las mutaciones en lpxA, lpxC y lpxD pueden desempeñar un papel en el desarrollo de resistencia a la colistina48. Comparamos estos genes lpx adquiridos de WGS de todos los A. colistiniresistens y tres cepas sensibles a la colistina de A. baumannii (cepa tipo A. baumannii ATCC19606, A. baumannii H-10112, A. baumannii C-98) (Suplementario A, Fig. S1). Encontramos polimorfismos similares en los genes lpxA/C/D y lpxL en todas las cepas de A. colistiniresistens, lo que sugiere que las alteraciones en el metabolismo del LPS podrían ser la razón de la resistencia a la colistina observada en estas cepas. También encontramos otros genes relacionados con el factor de virulencia que incluyen; sistema de secreción tipo VI, adaptación al estrés, antifagocitosis, sistema regulador de dos componentes (bfmR, bfmS), resistencia sérica, genes de captación y adherencia de hierro. Si bien la mayoría de los aislados compartían genes similares relacionados con la virulencia (Fig. 4), se observaron ciertas diferencias entre los aislados de A. colistiniresistens y A. baumannii. Aunque los aislados de A. baumannii tanto hospitalarios como comunitarios poseían un conjunto completo de genes del sistema de secreción tipo VI, solo se encontraron de uno a tres genes que codifican este sistema en seis aislados de A. colistiniresistens, incluido el C-214. Los genes del sistema de secreción tipo VI (T6SS) son bien reconocidos como un factor de virulencia crucial en A. baumannii y las toxinas producidas por los genes T6SS podrían matar otras bacterias y células eucariotas49.

Presencia de genes implicados en la virulencia en la cepa C-214 y otros 19 genomas de A. colistiniresistens, tres de A. baumannii, uno de A. gyllenbergii y uno de A. proteolyticus. La presencia de genes en un aislado se especifica mediante un rectángulo coloreado, coloreado según la similitud de secuencia con las secuencias VFDB seleccionadas. La ausencia de genes se muestra como espacios en blanco sin color.

Amplias investigaciones de análisis pangenómico pueden ayudar a comprender la adaptabilidad funcional de una especie bacteriana50. Para obtener información sobre la información del pangenoma de A. colistiniresistens, creamos diferentes gráficos para visualizar el número de genes totales, genes accesorios centrales y genes únicos en función de los genomas secuenciados.

Acinetobacter colistiniresistens se clasifica en dos genomovares. Para explorar la diversidad genómica, realizamos un análisis pangenoma utilizando el flujo de trabajo pangenoma Anvi'o40 (Fig. 5). El pangenoma constaba de un total de 6825 genes, con 2601 genes centrales compartidos entre todas las cepas y 2179 genes centrales que ocurren solo una vez. Además, investigamos el enriquecimiento entre los dos genomovares51. El enriquecimiento se definió como una puntuación de enriquecimiento superior a 15 y un valor q ajustado inferior a 0,01. El análisis de enriquecimiento funcional se realizó según la anotación COG20 (suplementario B). Nuestra cepa, C-214, se encontró en el clado 2, que mostró enriquecimiento en 17 genes, mientras que el clado 1 mostró enriquecimiento en ocho genes. Los genomas se ordenaron según el árbol filogenómico (Fig. 5).

Visualización del pangenoma Anvi'o de 20 genomas de A. colistiniresistens. Las capas se colorearon de acuerdo con los dos genomovares de A. colistiniresistens propuestos. Los genomas se ordenaron según el árbol filogenómico de la figura 2. Los grupos de genes se ordenaron según la presencia y ausencia de genes. Se indicaron los grupos de genes que se incluyen en los genes de copia única y en el genoma central. También se mostraron diagramas de barras que representan grupos de genes únicos por cada genoma.

La patogenicidad de A. colistiniresistens C-214 se probó en el modelo de G. mellonella y se comparó utilizando una cepa virulenta de A. baumannii C-98 (no publicada) y una E. coli OP-50 no virulenta. La Figura 6 destaca la variabilidad de la patogenicidad en dos inóculos bacterianos diferentes.

Distribuciones de supervivencia de Kaplan-Meier para desafíos dependientes de la dosis de A. colistiniresistens C-214. Se utilizaron A. baumannii C-98 y E. coli OP50 como controles de cepas altamente virulentas y no virulentas, respectivamente, en todos los niveles de dosificación. Se combinaron tres repeticiones biológicas de cada experimento y los resultados se muestran como porcentaje de probabilidad de supervivencia. Los resultados de infección para los tres aislados analizados fueron significativamente diferentes (p = 0,001; prueba de rango logarítmico de Mantel-Cox, lo que demuestra que la supervivencia de las larvas depende de la cantidad de bacterias inyectadas.

Administramos inyecciones parenterales de dos concentraciones diferentes (107 y 106 UFC) de la cepa C-214 de A. colistiniresistens para examinar el impacto sobre la patogenicidad de las larvas. Las larvas infectadas exhibieron distintos síntomas, incluyendo nodulación, ennegrecimiento de la cutícula y eventual mortalidad. En particular, el grado de melanización aumentó significativamente con dosis de inóculo más altas, lo que indica que el tamaño del inóculo infeccioso inicial juega un papel crucial en la progresión de la infección. Para analizar los resultados de supervivencia, empleamos distribuciones de supervivencia de Kaplan-Meier para cada inóculo bacteriano y realizamos una prueba de rango logarítmico (Mantel-Cox), que reveló diferencias significativas (p <0,001). La probabilidad de supervivencia de las larvas dependió del número de UFC inyectadas. Para las larvas inyectadas con un tamaño de inóculo de 107 UFC/larva, la tasa de supervivencia después de 24 h fue del 40 % para A. colistiniresistens C-214, del 0 % para A. baumannii C-98 y del 100 % para la no virulenta E. cepa de coli OP50. Sin embargo, la tasa de supervivencia de las larvas tratadas con C-214 disminuyó al 0% después de 120 h. En comparación, las larvas inyectadas con 106 UFC/larva mostraron una tasa de supervivencia del 90 % para C-214 después de 24 h, del 20 % para C-98 y del 100 % para OP-50. Dentro del período de observación de 168 h después de la inoculación, sobrevivió el 60% de las larvas tratadas con C-214. Una dilución adicional (105 UFC/larva) dio como resultado una supervivencia del 100%, pero mostró melanización en el 30% de la población después de 168 h de observación.

MDR Acinetobacter baumannii es un patógeno nosocomial importante que ha sido el foco principal de la mayoría de las investigaciones sobre Acinetobacter spp. Aparte de A. baumannii, se sabe poco sobre otras especies de Acinetobacter. Sin embargo, cada vez se identifican más especies de Acinetobacter no baumannii como agentes causantes de infecciones nosocomiales. Uno de esos organismos, A. colistiniresistens, se ha aislado de diferentes fuentes, incluido el esputo, la sangre, el hisopo de la herida, el catéter y la conjuntiva en pacientes hospitalizados5,6,52 (Suplementario B). Sin embargo, rara vez se han discutido las características genómicas de este organismo11,52. En este estudio, nos centramos en caracterizar la cepa de A. colistiniresistens aislada de una muestra fecal humana sana. Este informe representa un hallazgo significativo ya que es el primer caso conocido de esta especie aislada de un individuo sano. El estudio ofrece nueva información sobre los rasgos genómicos y de virulencia de A. colistiniresistens, que podría resultar útil en el tratamiento de este patógeno en particular.

Tratamiento de infecciones causadas por Acinetobacter spp. se ha vuelto cada vez más desafiante debido a sus patrones de resistencia a múltiples medicamentos (MDR) y pan-resistencia a los medicamentos (PDR). La colistina se considera comúnmente como un antibiótico de último recurso contra las infecciones por Acinetobacter MDR. Por lo tanto, la presencia de A. colistiniresistens dentro de una comunidad sana, naturalmente resistente a la colistina11,12, plantea importantes preocupaciones de salud pública. El aislado C-214 mostró una alta resistencia tanto a la colistina como a la polimixina B, con concentraciones inhibidoras mínimas (CMI) de 32 y 16, respectivamente. Este perfil de resistencia es comparable al del aislado NR1165 reportado en un estudio realizado en Japón5, lo que exacerba aún más las preocupaciones sobre la propagación de tales cepas resistentes.

Baraka et al.53, identificaron genes de resistencia a antibióticos sulfonamidas, macrólidos, ABC-F y beta-lactamasas en A. colistiniresistens previamente aislado. De manera similar, la WGS de la cepa C-214 de A. colistiniresistens reveló varios genes de resistencia, incluido el gen de resistencia a los betalactámicos blaOXA302, la resistencia a la tetraciclina tet39, la resistencia a los aminoglucósidos ANT(3'')-IIc, AAC(6')-Ij, que también respaldaron nuestra datos AST. La presencia de plásmidos que portan genes como tet39 hace que esta cepa sea más amenazante para la comunidad, ya que esto podría permitirle conferir genes de resistencia a otras especies a través de la transferencia horizontal de genes54.

Un estudio comparativo de WGS con otros diecinueve A. colistiniresistens recuperados del NCBI reveló que la mayoría de los aislados de A. colistiniresistens albergaban tipos similares de genes de RAM, excepto dos cepas (NR1165, DL) que portaban más genes de RAM, incluidos genes de carbapenemasa que codifican OXA-58. Gen IMP-34 y ESBL que codifican TEM-181.

Aunque los aislados de A. colistiniresistens compartían algunas propiedades de virulencia de A. baumannii, hubo algunas diferencias notables. Por ejemplo, el número de genes del sistema de secreción tipo VI fue menor en los aislados de A. colistiniresistens. Aunque A. baumannii y A. colistiniresistens portan diferentes subclases de genes relacionados con la secreción de tipo VI, el número de genes perdidos en A. colistiniresistens podría ser de vital importancia. Además, recientemente se ha demostrado que silenciar el sistema de secreción de tipo VI codificado cromosómicamente es crucial para la transferencia horizontal de genes mediante conjugación, que es esencial para difundir la resistencia a los antibióticos55. Como tal, el sistema de secreción tipo VI en A. colistiniresistes justifica una mayor investigación por sus propiedades de virulencia y resistencia. Cabe señalar que, aunque el individuo que portaba el A. colistiniresistens aislado en este estudio no portaba A. baumannii, tal ocurrencia es una posibilidad en el futuro. En tal situación, la transferencia de resistencias adicionales a A. baumannii o viceversa podría provocar que el organismo se vuelva resistente a todos los fármacos utilizados actualmente. En consecuencia, las infecciones causadas por organismos como este serían difíciles de tratar.

Recientemente, se han utilizado modelos in vivo no animales como G. mellonella para determinar la virulencia de patógenos como A. baumannii, P. aeruginosa, Burkholderia cepacia, Bacillus cereus y hongos causantes de enfermedades18,56. G. mellonella puede tolerar temperaturas de incubación de hasta 37 °C, lo que la hace preferible para investigar enfermedades humanas56. También se reproduce rápidamente y no requiere autorización de ética animal. En nuestro estudio, G. mellonella mostró una sensibilidad dosis dependiente a la infección por A. colistiniresistens (C-214) y podría utilizarse para investigar su patogenicidad.

En conclusión, este estudio describe la primera secuencia genómica completa de la cepa de A. colistiniresistens aislada de la muestra fecal de una mujer adulta sana de Malasia. Las características genómicas más destacadas de esta cepa incluyeron la presencia de genes relevantes para la RAM y la virulencia. MDR A. colistiniresistens es un patógeno oportunista y es naturalmente resistente a la colistina, lo cual es motivo de gran preocupación ya que es un antibiótico de último recurso. Además, el ensayo de destrucción de G. mellonella in vivo indicó el potencial patógeno de la cepa C-214. El transporte de A. colistiniresistens en la comunidad asintomática representa un riesgo para la salud pública y se debe prestar más atención a la vigilancia epidemiológica y la transmisión de esta bacteria.

La secuencia del genoma ensamblado se ha depositado en la base de datos GenBank y NCBI con el número de proyecto PRJNA863728. (Los números de acceso de GenBank para otras cepas de A. colistiniresistens utilizadas para comparación se enumeran en el Suplemento B).

Dwiyanto, J. y col. Análisis de pangenoma y resistoma de Escherichia coli productora de ß-lactamasa de espectro extendido: un estudio de vigilancia epidemiológica en múltiples entornos de Malasia. MÁS UNO 17, e0265142 (2022).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Farrugia, DN et al. El genoma completo y el fenómeno de un Acinetobacter baumannii adquirido en la comunidad. MÁS UNO 8, e58628 (2013).

Artículo ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Al Atrouni, A., Joly-Guillou, ML, Hamze, M. & Kempf, M. Reservorios de especies de Acinetobacter no baumannii. Frente. Microbiol. 7, 1-12 (2016).

Artículo de Google Scholar

Turton, JF, Shah, J., Ozongwu, C. & Pike, R. Incidencia de especies de Acinetobacter distintas de A. baumannii entre aislados clínicos de Acinetobacter: evidencia de especies emergentes. J.Clin. Microbiol. 48, 1445-1449 (2010).

Artículo PubMed PubMed Central Google Scholar

Suzuki, Y. et al. Aparición de Acinetobacter colistiniresistens resistentes a carbapenémicos productores de IMP-34 y OXA-58. Antimicrobiano. Agentes Chemother. 63, 1-3 (2019).

Artículo de Google Scholar

Lee, SY y cols. Identificación, relación genotípica y características clínicas de aislados resistentes a colistina de la especie genómica de Acinetobacter 13BJ/14TU del torrente sanguíneo de pacientes en un hospital universitario. J.Clin. Microbiol. 52, 931–939 (2014).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Cabral, BG, Brasiliense, DM, Furlaneto, IP, Rodrigues, YC & Lima, KVB Infección del sitio quirúrgico después de una cesárea por especies de Acinetobacter: un informe de un entorno hiperendémico en la región amazónica brasileña. Microorganismos 9, 743 (2021).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Tian, J. y col. Cinco nuevos grupos de β-lactamasa tipo OXA que hidrolizan carbapenems son intrínsecos en Acinetobacter spp. J. Antimicrobios. Chemadre. 73, 3279–3284 (2018).

CAS PubMed Google Académico

Touchon, M. y col. La diversificación genómica de todo el género Acinetobacter: orígenes, mecanismos y consecuencias. Genoma Biol. Evolución. 6, 2866–2882 (2014).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Nemec, A. y col. Taxonomía de cepas hemolíticas y/o proteolíticas del género Acinetobacter con la propuesta de Acinetobacter courvalinii sp. nov. (especie genómica 14 sensu Bouvet & Jeanjean), Acinetobacter dispersus sp. nov. (especie genómica 17), Acinetobacter modesto. En t. J. Sistema. Evolución. Microbiol. 66, 1673–1685 (2016).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Nemec, A., Radolfova-Krizova, L., Maixnerova, M. y Sedo, O. Acinetobacter colistiniresistens sp. nov. (anteriormente especie genómica 13 sensu Bouvet y Jeanjean y especie genómica 14 sensu Tjernberg y Ursing), aislada de infecciones humanas y caracterizada por una resistencia intrínseca a las polimixinas. En t. J. Sistema. Evolución. Microbiol. 67, 2134–2141 (2017).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Nemec, A. & Dijkshoorn, L. Variaciones en la susceptibilidad a la colistina entre diferentes especies del género Acinetobacter. J. Antimicrobios. Chemadre. 65, 367–369 (2009).

Artículo PubMed Google Scholar

Bouvet, PJM & Jeanjean, S. Delineación de nuevas especies genómicas proteolíticas en el género Acinetobacter. Res. Microbiol. 140, 291–299 (1989).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Lee, SY y cols. Aislamientos resistentes de la especie genómica de Acinetobacter 13BJ/14TU del torrente sanguíneo de pacientes en un hospital universitario. J.Clin. Microbiol. 52(3), 931–939. https://doi.org/10.1128/JCM.02868-13 (2014).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Brasiliense, D. et al. Brote de Acinetobacter colistiniresistente a infecciones del torrente sanguíneo en una unidad de cuidados intensivos neonatales. J. Globo. Antimicrobiano. Resistir. 24, 257–259 (2021).

Artículo PubMed Google Scholar

Peleg, AY, Seifert, H. & Paterson, DL Acinetobacter baumannii: aparición de un patógeno exitoso. Clínico. Microbiol. Rev. 21, 538–582 (2008).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Bakour, S. y col. Aparición del aislado clínico ST2 de Acinetobacter baumannii resistente a colistina y carbapenémicos en Argelia: informe del primer caso. Microbio. Resistencia a las drogas. 21, 279–285 (2015).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Khalil, MAF y cols. Características de virulencia de Acinetobacter baumannii formador de biopelículas en aislados clínicos utilizando un modelo de Galleria mellonella. Microorganismos 9(11), 2365 (2021).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Huët, MAL et al. Investigación de la micobiota intestinal humana cultivable de la comunidad segamat en Johor, Malasia. Mundo J. Microbiol. Biotecnología. 37, 1-15 (2021).

Artículo de Google Scholar

Huët, MAL et al. Primer caso informado de Gilbertella persicaria en heces humanas: resultado de un estudio comunitario de Segamat, Johor, Malasia. Braz. J. Microbiol. https://doi.org/10.1007/s42770-020-00323-z (2020).

Artículo PubMed PubMed Central Google Scholar

Schuurman, T., de Boer, RF, Kooistra-Smid, AMD y van Zwet, AA Estudio prospectivo del uso de la amplificación por PCR y secuenciación del ADN ribosómico 16S del líquido cefalorraquídeo para el diagnóstico de meningitis bacteriana en un entorno clínico. J.Clin. Microbiol. 42, 734–740 (2004).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Dashti, A., Dashti, H. y Jadaon, M. Tratamiento térmico de bacterias: un método simple de extracción de ADN para técnicas moleculares. J. Kuwait Med. Asociación. 41, 117-122 (2014).

Google Académico

CLSI. Normas de desempeño para las pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos; vigésimo segundo suplemento informativo instituto de normas clínicas y de laboratorio. Documento CLSI M100-S16CLSI, Wayne, PA vol. 32 (2015).

Sambrook, J. & Russell, DW Purificación de ácidos nucleicos mediante extracción con fenol:cloroformo. Protocolo CSH. 2006, pdb-prot4455 (2006).

PubMed Google Académico

Bolger, AM, Lohse, M. y Usadel, B. Trimmomatic: un recortador flexible para datos de secuencia de Illumina. Bioinformática 30, 2114-2120 (2014).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A. y Korobeynikov, A. Uso de SPAdes ensambladores de novo. actual. Protocolo. Bioinformación. 70, 1-29 (2020).

Artículo de Google Scholar

Kolmogorov, M., Yuan, J., Lin, Y. y Pevzner, PA Montaje de lecturas largas y propensas a errores utilizando gráficos repetidos. Nat. Biotecnología. 37, 540–546 (2019).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Walker, BJ y cols. Pilon: una herramienta integrada para la detección integral de variantes microbianas y la mejora del ensamblaje del genoma. MÁS UNO 9, e112963 (2014).

Artículo ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Simão, FA, Waterhouse, RM, Ioannidis, P., Kriventseva, EV y Zdobnov, EM BUSCO: Evaluación de la integridad del ensamblaje y la anotación del genoma con ortólogos de copia única. Bioinformática 31, 3210–3212 (2015).

Artículo PubMed Google Scholar

Seemann, T. Prokka: Anotación rápida del genoma procariótico. Bioinformática 30, 2068–2069 (2014).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Alikhan, NF, Petty, NK, Ben Zakour, NL y Beatson, SA Generador de imágenes en anillo BLAST (BRIG): comparaciones simples del genoma procariota. BMC Genomics 12, 1-10 (2011).

Artículo de Google Scholar

Roosaare, M., Puustusmaa, M., Möls, M., Vaher, M. & Remm, M. PlasmidSeeker: Identificación de plásmidos conocidos a partir de lecturas de secuenciación del genoma completo bacteriano. PeerJ 2018, 1-16 (2018).

Google Académico

Richter, M., Rosselló-Móra, R., Oliver Glöckner, F. & Peplies, J. JSpeciesWS: Un servidor web para la circunscripción de especies procarióticas basado en la comparación del genoma por pares. Bioinformática 32, 929–931 (2016).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Fazlul, MKK y cols. Detección de factores de virulencia y genes codificantes de β lactamasas entre los aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa. arXiv. https://doi.org/10.31838/ijpr/2019.11.01.031 (2019).

Lee, MD Aplicaciones y consideraciones de GToTree: un flujo de trabajo fácil de usar para filogenómica. Evolución. Bioinformar. 15, 1176934319862245 (2019).

Artículo de Google Scholar

Muzahid, NH y cols. Caracterización molecular y análisis genómico comparativo de Acinetobacter baumannii aislado de la comunidad y del hospital: un estudio epidemiológico en Segamat, Malasia. Microbio. Genómica 9, mgen00977 (2023).

Artículo de Google Scholar

Jia, B. y col. CARD 2017: Expansión y curación centrada en modelos de la base de datos integral de resistencia a los antibióticos. Ácidos nucleicos res. 45, D566-D573 (2017).

Artículo CAS PubMed Google Scholar

Chen, L. y col. VFDB: una base de datos de referencia para factores de virulencia bacteriana. Ácidos nucleicos res. 33, 325–328 (2005).

Artículo de Google Scholar

Siguier, P., Perochon, J., Lestrade, L., Mahillon, J. y Chandler, M. ISfinder: el centro de referencia para secuencias de inserción bacteriana. Ácidos nucleicos res. 34, 32–36 (2006).

Artículo de Google Scholar

Eren, AM y cols. Multiómicas reproducibles, integradas y lideradas por la comunidad con anvi'o. Nat. Microbiol. 6, 3–6 (2021).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Naas, T. y col. Base de datos de beta-lactamasas (BLDB): estructura y función. J. Enzima. Inhibir. Medicina. Química. 32, 917–919 (2017).

Artículo CAS Google Scholar

Price, MN, Dehal, PS y Arkin, AP Fasttree: Computación de grandes árboles de evolución mínima con perfiles en lugar de una matriz de distancias. Mol. Biol. Evolución. 26, 1641-1650 (2009).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Letunic, I. & Bork, P. Árbol interactivo de la vida (iTOL) v5: una herramienta en línea para la visualización y anotación de árboles filogenéticos. Ácidos nucleicos res. 49, W293–W296 (2021).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Bian, X. et al. Corrección a: características epidemiológicas y genómicas de A. baumannii de diferentes sitios de infección utilizando genómica comparada. BMC Genomics 22, 1-12. https://doi.org/10.1186/s12864-021-07842-5 (2021).

Artículo CAS Google Scholar

Savin, M. y col. Borradores de secuencias del genoma de aislamientos de Acinetobacter baumannii recuperados de aguas residuales de un matadero de aves de corral en Alemania. Microbiol. Recurso. Anunciar. 8, 1–4 (2019).

Artículo de Google Scholar

Liu, YY et al. Aparición del mecanismo de resistencia a la colistina mediado por plásmidos MCR-1 en animales y seres humanos en China: un estudio microbiológico y de biología molecular. Infección por lanceta. Dis. 16, 161-168 (2016).

Artículo PubMed Google Scholar

Nie, D. y col. La proteína A de la membrana externa (OmpA) como posible diana terapéutica para la infección por Acinetobacter baumannii. J. Biomed. Ciencia. 27, 1–8 (2020).

Artículo de Google Scholar

Zhang, W. y col. El papel de los sistemas de genes LpxA/C/D y pmrA/B en cepas clínicas de Acinetobacter baumannii resistentes a colistina. Frente. Laboratorio. Medicina. 1, 86–91 (2017).

Artículo de Google Scholar

Weber, BS y cols. Análisis genómico y funcional del sistema de secreción tipo VI en Acinetobacter. MÁS UNO 8, e55142 (2013).

Artículo ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Hassan, A. et al. El análisis del pangenoma y la inmunoproteómica de las cepas de Acinetobacter baumannii reveló los principales objetivos de la vacuna peptídica. BMC Genomics 17, 1–25 (2016).

Artículo de Google Scholar

Shaiber, A. et al. Marcadores funcionales y genéticos de división de nichos entre miembros enigmáticos del microbioma oral humano. Genoma Biol. 21, 1–35 (2020).

Artículo de Google Scholar

de Paula-Petroli, SB et al. Características moleculares y fenotípicas de un aislado del torrente sanguíneo de Acinetobacter colistiniresistens portador de blaOXA-58 procedente de Brasil. J. Globo. Antimicrobiano. Resistir. 28, 264–266 (2022).

Artículo PubMed Google Scholar

Baraka, A., Traglia, GM, Montaña, S., Tolmasky, ME & Ramirez, MS Un estudio poblacional de Acinetobacter non-baumannii: genes de resistencia a los antimicrobianos (ARG). Antibióticos. 10, 16 (2020).

Artículo PubMed PubMed Central Google Scholar

Agersø, Y. & Guardabassi, L. Identificación de Tet 39, una nueva clase de determinante de resistencia a la tetraciclina en Acinetobacter spp. de origen ambiental y clínico. J. Antimicrobios. Chemadre. 55, 566–569 (2005).

Artículo PubMed Google Scholar

Di Venanzio, G. et al. Los plásmidos resistentes a múltiples fármacos reprimen el T6SS codificado cromosómicamente para permitir su diseminación. Proc. Nacional. Acad. Ciencia. Estados Unidos 116, 1378-1383 (2019).

Artículo ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Peleg, AY y cols. Galleria mellonella como sistema modelo para estudiar la patogénesis y la terapéutica de Acinetobacter baumannii. Antimicrobiano. Agentes Chemother. 53, 2605–2609 (2009).

Artículo CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

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Los autores desean expresar su agradecimiento a la Plataforma Multidisciplinaria de Biología y Medicina Tropical, la Facultad de Ciencias de la Universidad de Monash de Malasia y el Observatorio Comunitario del Sudeste Asiático por su apoyo. También nos gustaría agradecer la contribución del Dr. Aswini Leela al ensamblaje de todo el genoma de C-214. Partes de este trabajo fueron respaldadas por el uso de la instalación MASSIVE HPC (http://www.massive.org.au).

Este estudio fue apoyado por un Programa de subvenciones para investigación fundamental (FRGS) del Ministerio de Educación (MOE) de Malasia (Número de subvención FRGS/1/2019/SKK01/MUSM/01/1), el Plan estratégico de subvenciones grandes de Monash Malaysia 2017 (LG- 2017–01-SCI) y la Beca de Medicina y Biología Tropical 2017 para el proyecto “Microbioma de Malasia en la salud y la enfermedad”.

Facultad de Ciencias, Universidad de Monash Malasia, Bandar Sunway, 47500, Subang Jaya, Selangor Darul Ehsan, Malasia

Nazmul Hasan Muzahid, Muhammad Zarul Hanifah Md Zoqratt, Kah Ern Ten, Md Hamed Hussain, Qasim Ayub, Hock Siew Tan y Sadequr Rahman

Observatorio Comunitario del Sudeste Asiático (SEACO), Salud Pública Global, Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud Jeffrey Cheah, Universidad de Monash Malasia, Bandar Sunway, 47500, Subang Jaya, Selangor, Malasia

Tin Tin Su

Centro de genómica de Malasia de la Universidad de Monash, Bandar Sunway, 47500, Subang Jaya, Selangor Darul Ehsan, Malasia

Qasim Ayub y Sadequr Rahman

Plataforma multidisciplinaria de biología y medicina tropical, Universidad de Monash Malasia, Bandar Sunway, 47500, Subang Jaya, Selangor, Malasia

Hock Siew Tan y Sadequr Rahman

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Conceptualización, metodología, datos formales analizados del NHM y redacción del manuscrito principal. MZHMZ, KET y MHH realizaron la recopilación de datos. TTS, QA, HST y SR diseñaron el experimento. SR supervisó el proyecto. Todos los autores revisaron el manuscrito.

Correspondencia a Nazmul Hasan Muzahid o Sadequr Rahman.

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

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Muzahid, NH, Md Zoqratt, MZH, Ten, KE et al. Caracterización genómica y fenotípica de Acinetobacter colistiniresistes aislado de heces de un miembro sano de la comunidad. Informe científico 13, 12596 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-39642-0

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Recibido: 27 de enero de 2023

Aceptado: 28 de julio de 2023

Publicado: 03 de agosto de 2023

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-39642-0

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